O município de Joca Marques foi emancipado através da Lei Estadual nº 4.810, de 14 de dezembro de 1995, tendo seu território formado a partir do município matriz de Luzilândia. Instalado em 1 de janeiro de 1997, com a posse do primeiro prefeito eleito.

Na realidade, a denominação toponímica atual constitui uma saudosa homenagem a um dos grande nomes da política local, ex-prefeito de Luzilândia e filho ilustre do novel município, o senhor João de Assis Marques (vulgo, Joca Marques). Seu passado remonta à pequena formação populacional antes denominada de Mocambinho. Formada gradativamente a partir da primeira metade do século XX (mais precisamente entre 1920 e 1930), esse pequeno núcleo atraiu grupos migratórios, advindos de diversas áreas do nordeste, que encontravam na região condições de subsistência adequadas e propícias para a manutenção de suas famílias. Por situar-se às margens do rio Parnaíba - o segundo maior rio do nordeste - deu margem ao aumento gradual de sua população, que com a prática agrícola e a pecuária ajudaram a dinamizar a economia frágil da região, com destaque especial para a família Marques, que ainda hoje é influente tanto em Joca Marques quanto em Luzilândia, que lhe deu origem e com a qual mantém grande relação.